Esta linea de investigación envuelve la observación y caracterización de las principales unidades de la biodiversidad (e.g, genes, especies, comunidad y ecosistemas) y la cuantificación de la variación entre ellas (e.g) distancias genéticas, relaciones fitogenéticas, padrones geográficos de variación de la biodiversidad). Esta linea incluye estudios integrados de sistemática, filogenia, biogeografia, ecología de organismos, ecología de comunidades, ecología de paisajes y ecología de ecosistemas.
Esta linea de investigación incluye investigaciones aplicadas que tienen como objetivo el desarrollo de sistemas eficientes de gestión y conservación de la biodiversidad tropical en varias escalas espaciales. Los temas de investigación varían desde el planeamiento ambiental utilizando herramientas modernas de análisis espacial hasta investigaciones que tienen como objetivo cuantificar y minimizar el impacto ambiental de las actividades humanas sobre la biodiversidad. Esta linea es verdaderamente multidisciplinar, pues envuelve la integración de informaciones de disciplinas asociadas a las ciencias biológicas como la ecología, la zoología y la botánica, las ciencias exactas y naturales como la geología, la meteorología, la matemática y la física y las ciencias humanas como la antropología, la sociología y la economía.
Esta linea de investigación envuelve también investigaciones aplicadas multidisciplinares que tiene como propósito identificar y promover el uso económico de varias unidades de la biodiversidad. En ella son incluidos los estudios multidisciplinarios sobre las bases ecológicas del extractivismo animal y vegetal, o el manejo sostenible de bosques y otros ecosistemas tropicales, el control biológico con especies nativas o el desarrollo de sistemas agro-forestales y la identificación del potencial químico y farmacológico de plantas regionales.